Die barocke Orgel der Kirchenburg Hammersdorf wurde 1792 von dem Schweizer Orgelbauer Melchior Achxs gebaut und vergoldet. Sie hat ein Manual, ein Pedal und 16 Register. Im Jahre 1802 verkaufte die Gemeinde das Orgelpositiv nach Seligstadt. Einen neuen Spieltisch erhielt die große Orgel 1861, 1904 wurde der Rest der Orgel durch den Orgelbauer Karl Einschenk renoviert. Vierzig Jahre später wurde sie von Unbekannten zerstört und bloß notdürftig repariert. Gegenwärtig ist sie wieder voll bespielbar, doch nagt auch an ihr der Zahn der Zeit. Gespielt wird sie in den Gottesdiensten und gelegentlich bei Konzerten.
